Πρόκειται για έναν οικισμό 172 κατοίκων που βρίσκεται στο κέντρο μιας πεδινής περιοχής, η οποία μέχρι το τέλος της δεκαετίας του 1950 ήταν βάλτος που τελικά αποξηράνθηκε. Το έλος αποτελούσε τα απομεινάρια αρχαιότερης λίμνης, στις όχθες της οποίας είχαν αναπτυχθεί προϊστορικές εγκαταστάσεις, όπως αυτή που έχει εντοπιστεί στις παρυφές του χωριού και χρονολογείται στην Πρώιμη Εποχή του Χαλκού.

Σε αυτές τις αντίξοες συνθήκες εγκαταστάθηκαν το 1922 στην περιοχή πρόσφυγες από τον Πόντο, οι οποίοι ασχολήθηκαν με τη γεωργοκτηνοτροφία, ιδιαίτερα μετά την αποξήρανση του έλους και την αποκάλυψη καλλιεργήσιμων εκτάσεων.

Τα Βαλτόνερα το 2003 έγιναν γνωστά σε πανελλαδικό, αλλά και διεθνές επίπεδο χάρη στη Δήμητρα Κατσουρίδου, ένα παιδί του χωριού με τεράστια δύναμη και θέληση, που κατάφερε να μπει στο Βιβλίο Ρεκόρ Γκίνες συγκεντρώνοντας 8514 ξύστρες, τη μεγαλύτερη συλλογή στον κόσμο, η οποία βρίσκεται σήμερα στο Δημοτικό Σχολείο Βαλτονέρων.